Trends für Publikationen zu einem Thema in Pubmed
Wenn man wissen möchte, wann ein Thema auf Pubmed aufkam, kann man sich mit diesem einfachen Script anzeigen lassen, wie häufig ein bestimmter Begriff im Verlauf der letzten 30 Jahre in Artikeln, die in Pubmed indiziert sind (Abstract und Title) vorgekommen ist.
Hier z.B. mal das Beispiel für fMRI (funktionelle Magnetresonanztomografie):
Anfang der 90er zwei Publikationen und jetzt um die 2500 Publikationen pro Jahr.
Ganz anders die Situation für das SARS (severe acute respiratory syndrome), das wie eine Eintagsfliege nur eine kurze Zeit für Aufsehen sorgte.
Ich freue mich über Kommentare und Ideen zu sinnvollen Ergänzungen für das script.
% pubmed_trend.m
term=input('Term:','s');
for j=1990:2011
query=['http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=' urlencode(term) '[tiab]%20AND%20′ num2str(j) ‘[dp]&rettype=count’];
docNode = xmlread(query);
count(j)=str2double(docNode.getElementsByTagName(’Count’).item(0).getFirstChild.getNodeValue);
end;
figure(’name’,['occurences of the term ' term ' in Pubmed (in title or abstract'])
plot(count(1990:2011));
set(gca,’xtick’, 1:5:45,’xtickl’,1990:5:2010);
title(term);
ylabel ‘number of articles’
xlabel ‘year’
Tags: histogram, matlab, pubmed, trend